La tradizione orale, per attestazione del Canonici d’Orta a metà del 1700, riferisce che la chiesa di San Giovanni in Melegnano sia una delle chiese erette per opera di San Giulio Prete nel secolo di Sant’Ambrogio (IV d.C).

Questa tradizione è avvalorata dal fatto che Melegnano era la stazione “ad milium nonum” di fondazione romana augustea a nove miglia da Milano, come testimoniato sull’Itinerarium Burdigalense dell’anno 333 dopo Cristo.

La prima data storicamente accertata è quella del 1398, perché viene citata nella Notitia Cleri Mediolanensis. Nell’ottobre 1418 il papa Martino V, durante la sua permanenza a Milano, concesse una speciale indulgenza per il restauro della chiesa che era in condizioni rovinose. Nel 1442, il 6 luglio, la chiesa di San Giovanni fu insignita della dignità di prepositura, affrancando così la chiesa di Melegnano dalla pieve di San Giuliano. Nel 1506 la chiesa venne dedicata alla Natività di San Giovanni Battista: per l’occasione venne commissionata ad Ambrogio da Fossano detto il Bergognone la straordinaria pala d’altare, tempera a olio su tavola, firmata e datata, oggi visibile nella prima campata della navata laterale destra.

Originariamente la pala, come descritta dal contratto, si presentava come un polittico; oggi rimane a Melegnano lo scomparto centrale con il Battesimo di Cristo da parte di San Giovanni, su un ampio sfondo paesaggistico.

Oggi la chiesa si presenta con la facciata a capanna in cotto, la pianta ad aula suddivisa in tre navate con sistema alternato, la cupola che si raccorda al presbiterio grazie a vele triangolari e racchiusa dal cilindro del tiburio, il campanile del 1482 (sopraelevato nel ‘600), l’altare maggiore con il coro del 1635 e due altari laterali. Gli affreschi più antichi risalgono al 1400, i più recenti al 1800.

Nella chiesa sono presenti anche due cappelle aggiunte all’inizio del 1600. Nella metà del 1600, in ossequio all’estetica barocca, l’interno fu arricchito da stucchi e da ornati. Interventi artistici Novecenteschi hanno ulteriormente impreziosito la chiesa.